XIII – A Conspiração começa com o assassinato da 1ª presidente mulher dos E.U.A. Sally Sheridan, que é atingida por um franco atirador durante as festas do Dia da Independência. Seu assassino escapa com vida por pouco, mas a segurança nacional promete caçá-lo arduamente (ou pelo menos é o que dá a entender). Três meses depois um casal de senhores descobre o corpo de um homem ferido, na praia. O jovem homem (Stephen Dorff) não consegue lembrar absolutamente nada sobre sua própria identidade. A única pista é uma tatuagem que tem em seu pescoço que tem o numeral XIII. Enquanto isso, o serviço de inteligência da Casa Branca continua suas buscas pelo assassino da presidente. Com as eleições se aproximando, um suspeito confirmado poderia favorecer as votações na atual administração. Algumas horas depois, a localização do XIII é descoberta pelo serviço de inteligência. Seria ele um assassino? Buscando desesperadamente toda e qualquer pista, XIII procura retomar cada peça de sua vida e os fragmentos de sua memória voltam pouco a pouco. Finalmente capturado, ele descobre que lhe foi dada uma identidade e um esconderijo altamente secretos, no intuito de fugir da ameaça de um grupo de conspiradores que querem acabar com o governo. Agora, a corrida a favor de sua própria segurança contra o poder dos conspiradores começa. Tanto eles quanto a segurança nacional estão à sua procura e a única maneira de XIII ter sua vida de volta, é mordendo a isca. Um jogo perigoso, especialmente quando você não sabe exatamente quem ele é.